Hubungan antara Yato dan Yukine dikini telah membaik dan semuanya menjadi normal seperti keseharian mereka sebelumnya, sementara roh Hiyori masih tetap terpisah dari tubuhnya. Di season kedua ini akan mengungkap tentang masa lalu yato dan hubungannya antara Yato dan Bishamon, tentang konflik yang terjadi diantara mereka berdua yang suram. Serta mengungkap misteri tentang senjata suci yato yang pertama kali, yaitu “Nora”.